На сайте ВАК появился документ под названием "О работе по перерегистрации сети диссертационных советов", из которого следует, что проблемы у некоторых диссоветов все же могут быть. Текст здесь:
http://vak.ed.gov.ru/ru/news/allnews/index.php?id4=2045
В этой теме, т.к. документ напрямую обусловлен принятием новой номенклатуры специальностей (точнее, взаимоувязан с этим событием).