Заключение кафедры из ДС в ВАК все равно идет одно. Если и есть второе, оно оседает в ДС (один раз с моей аспиранткой так было, "своя" кафедра при ДС посчитала свое заключение, на основании которого потом составлялось экспертное заключение о допуске, необходимым. Ну и что, доложились, получили замечания, исправили, снова доложились. Работа стала реально лучше и красивше
).
Докторантура в ВУЗе для составления заключения не нужна.
О докторах см. выше.