fazotron
Будет иметь полновесное значение. Точно также, как, доустим, человек, оканчивает ВУЗ по специальности, например, "Прикладная математика", а спокойно работает на кафе например теоретической механики. Как во втором случае будет считаться наличие у человека высшего образования (не важно, что специальность по диплому не соответствует полностью названию кафедры), что необходимо и достаточно для начала работы, так и в первом случае аттестат доцента по какой бы кафедре он не был бы выдан дает пожизненно человеку звание доцента на какой бы впоследствии кафедре он не работал.
В то же время, наличие аттестата с.н.с. или доцента по спецальности не является подтверждением научно-педагогического стажа и не дает возможности непосредственно занять должность доцента по кафедре.
Еще раз даю ссылку на положение по порядку присуждения ученой степени: преподователь на кафедре по нему может получить звание доцента по кафедре. Не надо тут путать, коль на то пошло, с Вашим случаем, так как у Вас
1. Вы занимаете должность руководителя в научном (любое лечебное заведение по факту и духу закона приравнивается к научному) заведении,
2. имеете все признаки, необходимые для присуждения звания профессора по специальности,
3. не имеете оснований для получения звания профессора по кафедре, т.к. сами говорите, что не занимеает в ВУЗе штатной должности профессора по кафедре. Поэтому, допустив небольшие исключения сообразно Вашему научному статусу ВАК присвоил Вам звание профессора по специальности.
Для наших же участников форума, которые в отличие от Вас кроме должности преподователя (доцента) на кафедре ВУЗа не числятся на должностях в НИИ (научно-исследовательских должностях ВУЗов) и рукловодителей научных и научно-практических заведений - возможно согласно тексту положения получения звания только доцента / профессора (дай Бог) по КАФЕДРЕ.
См. Ссылку на положение:
http://vak.ed.gov.ru/norm_doc/190