Как я понимаю, оба понятия исследуют язык и языковые единицы. Вот единицы изучает парадигматика, а отношения между этими единицами - синтагматика (Синтагматические отношения).
Различие в том, что одна отражает функционирование языковых единиц в языке (то есть системе), а другая в тексте (речи).
А вообще голову можно об это сломать!
