Создание сложного многоклеточного зверя внутри системы компов.

[anaschu]

Ищутся студенты или близкие по теме аспиранты по математике и программированию для работ, бликих к биологии, а вернее, к морфогенезу. Как морфогенез взаимодействует с геномом и геном с морфогенезом.

Скрытый текст

Работа с модифицированной машиной Тьюринга, этот инструмент есть ноу-хау одной лаборатории под Москвой.

Нужны студенты, аспиранты, или научные руководители, которые могут заинтересоваться и дать студенту такую курсовую работу по морфогенезу и биоИнформатике.

Скрытый текст

Нас уже несколько человек, работа будет в группе, студент сможет помогать нам, а мы ему. Будут написаны научные статьи.

Что же это за тема такая? Её придумал Савельев.

Да, добрый день.Вы знаете Савельева?

Скрытый текст

Сергей Савельев - профессор палеоневролог. Спорная личность, но, безусловно, в невроологии он разбирается. Хотя часто идёт в области, далекие от невроологии из-за своего самомнения. Однако это сейчас значения не имеет.

В неврологии он разбирается, и вот в невроологии он задумал один IT проект.
Ситуация такая. Я увидел выступление Савельева по телевизору.

Скрытый текст

Подумал, что ему надо помочь, если он не найдет математиков на проект. Подождал месяц. Смотрю, он никого не нашел. Я ему написал. Вчера он мне ответил и сказал- "соберете десяток CV, я их посмотрю, выберу подходящих, приглашу их и буду разговаривать".
То есть ТЗ- нет. Статей по данной теме от Савельева научных - тоже. Это абсолютно свежая идея, которая у него находится ещё в концепте. Её мало кто понял. Программисты в видео- олимпиадники и зав факультетов- не поняли её ВООБЩЕ, потому что они не нейробиологи. Я идею понял.

Он хочет добиться нескольких вещей.

1. Показать, как механика, форма, оперирует геномом.

Скрытый текст

Есть такие зародышевые лепестки- три ткани. Как бы три ткани "стволовых клеток".

Он хочет вот что. Вначале есть одна клетка. Потом она начинает делиться, пока не доходит до шарика. Тогда по тензору напряжений внутри клеток, на которые действует определенное механическое напряжение, генерируется сигнал, открывается мембрана клетки, внутрь заходят ионы. Ионы- и есть сигнал.
Этот сигнал действует на геном. Геном способствует тому, что начинается создание новой ткани, которая будет откладываться уже внутри шарика. снова растет внутри шарика ткань, снова тензор напряжений, снова включается геном, и начинается откладывание третьей ткани.
так мы откладываем три лепестковых зародыша.
Потом начинает таким же образом формироваться ноги, руки, голова. По тензору напряжений ВО ПЕРВЫХ, а за счет генома- во вторых.


Об этом способе взаимодействия формы и генома можно прочитать вот тут

2. После того, как зверек вырастет внутри компа с помощью машины Тбюринга, зверёк начинает "бегать по замкнутой сети компьютеров" ( она работает без доступа в интернет), ища ресурсы- в виде физической памяти, видеокамеры, процессора. Начинает с ними взаимодейстовать. если процессор такой то величины, то зверек вырастает во столько то раз.
Вот эта часть мне мало понятна.

Скрытый текст

Наверное, эти ресурсы вроде пока- это самое простое. просто даешь ему столько, сколько ему нужно для роста и жизни. априори. константа. Мы ж не экологию рассматриваем, то есть не взаимождействие животного со средой. важнее то, что происходит внутри животного. Возможно. что эту часть можно будет упростить и заменить на что то более простое, когда мы узнаем, чего профессор хотел этим добиться.

Может быть, дело в том, что ему нужны несколько компов на одно зверька по следующей причине:

Скрытый текст

/ дело в том, что он будет моделировать нейроны. А на одном нейроне в день может переключаться до тысячи синапсов, в каждом из которых по тысяче шипиков. И таких нейронов в мозге может быть несколько миллиардов. А в каждом нейроне надо смоделировать еще десяток каналов, и генетический алгоритм хотя бы из сотни генов.
Наверное, поэтому он думает, что одно компа будет недостаточно. Что один комп будет моделировать мозг. Другой- туловище, а третий- ноги. не знаю, я не понимаю ничего по вычислительным мощностям\

Как он хочет моделировать? одной машинкой старой, еще в 70 тые годы придуманной.
Старая, всем известная машина Тьюринга применялась в биологии уже много раз. Но переменные, которые в неё загружались, были не те, утверждает профессор. Говорит он это в одном видео:
https://www.youtube.com/watch?time_c...&v=cRXeta9oxNU

Обычно в модель Тьюринга засовывают переменные, кодирующие простую диффузию веществ. А теперь кроме этого профессор хочет засунуть туда обсуждающиеся сверху форму и геном.

Ему нужны программисты, что бы начать проект. Я не в курсах, что там с деньгами, со временем. После первичных работ и написания статей, через полгода, можно попробовать написать грант.

Я вот хочу ему помочь.

Скрытый текст

Я просто соображаю и в клеточном строении, и в нейробиологии, и в клеточных автоматах, и в их переложении на биологию- машинах Тьюринга. Хотя математического или IT образования я не имею. Если я буду один, я буду и прогить, и писать алгоритмы. Если нас будет несколько, скорее всего я буду больше писать алгоритмы, чем прогить. Хотя не факт.

В этой связи несколько вопросов.

1. Кто - нибудь ещё хочет заниматься "этим" со мной и Савельевым?
2. Кто имеет опыт с машинами Тьюринга применительно к биологии или химии? что посоветуете к кому идти, кому это интересно. кто не побоится импульсивного савельева? кто захочет развить достижения отечественной нейроморфологии, которая во многом противоречит западной нейробиологии?
3. Если вы пока что нуб в программировании, вы готовы поработать пару-тройку месяцев, что бы научиться программированию получше?

[anaschu]

Более подробное обсуждение тут
https://programmersforum.ru/showthre...=331031&page=4